Мультфильм "Трое из Простоквашино" имеет скрытый, пугающий смысл. Рассказывается история мальчика, который знакомится с котом и отправляется в деревню "Простоквашино". В мультфильме присутствуют загадки, которые заставляют задуматься о происходящем. Описывается болезненная тема отсутствия племянника у дяди Федора. Родители не обращаются в милицию, несмотря на поведение сына, что также вызывает вопросы. В целом, мультфильм является не детской сказкой и имеет глубокий смысл.